UAS TEKNOLOGI INFORMASI

PENERAPAN SELEKSI FAMILI F3 PADA IKAN NILA HITAM (Oreochromis niloticus)

Implementation of F3 Family Selection on Black Tilapia (Oreochromis niloticus)

Oleh : Tristiana Yuniarti, Sofi Hanif, dan Dian Hardiantho

Metode Seleksi Famili telah digunakan sebagai satu metode efektif untuk mendapatkan strain induk nila yang lebih unggul. Proses seleksi masih perlu dilanjutkan untuk memperoleh generasi yang lebih unggul. Mutu genetis yang tidak memenuhi syarat pada induk ikan nila menjadi masalah yang akan terus berlangsung bila tidak ada upaya perbaikan. Ikan nila secara biologis memiliki hereditas yang rendah dibandingkan dengan ikan  tawar lainnya.  Para pembenih ikan nila lebih memilih induk hasil pemuliaan dari luar negeri, yang harganya sangat mahal serta sulit memenuhi prosedurnya karena memerlukan persyaratan lisensi/sertifikasi produsen induk, yang juga pada gilirannya akan menyita devisa negara. Akibatnya mutu benih yang dihasilkan tidak dapat dijamin keunggulannya secara kontinyu.

Seleksi famili adalah salah satu metode selektif breeding. Adapun pada seleksi famili ada dua pendekatan cara yaitu seleksi antar famili dan seleksi didalam famili. Cara seleksi famili yang digunakan adalah cara seleksi dalam famili (within family selection). Metode ini mengacu kepada Standar Prosedur Operasional Pemuliaan ikan nila yang dibuat oleh Pusat Pengembangan Induk Ikan Nila Nasional tahun 2004. 

Pada proses pemijahan ikan nila masing-masing famili telah berhasil memproduksi generasi baru. Pada famili yang populasinya <500 ekor, semua populasi larva diikutsertakan untuk proses pendederan, sedangkan dari famili yang populasinya >500, hanya diambil 500 ekor secara acak untuk dilanjutkan ke proses pendederan. Seleksi ukuran dilakukan setelah melakukan seleksi jantan dan betina pada masing-masing famili, sehingga setiap satu famili dibagi menjadi dua sub populasi, yaitu sub populasi jantan dan sub populasi betina.

Untuk lebih lengkapnya dapat diklik disini !

 ejournal.undip.ac.id/index.php/saintek/article/download/376/868

[+/-] Selengkapnya...

[+/-] Ringkasan...

Bioinformatic of aquaculture

Dewasa ini permintaan masyarakat akan komodiatas perikanan semakin meningkat. Hal ini disebabkan karena masyarakat mulai menyadari akan nilai gizi ikan yang tinggi. Sektor perikanan khususnya perikanan budidaya diharapkan mampu untuk memenuhi kebutuhan masyarakat akan ikan. Namun budidaya perikanan mengalami permasalahan diantaranya ketersediaan benih unggul, masalah pakan dan serangan hama penyakit. Berbagai penelitian telah dilakukan untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan. Salah satunya ialah dengan pendekatan molekuler (genetik). Pendekatan secara molekuler intinya ialah menelurusi, memanipulasi, atau menelurusi dan memanipulasmi mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Dengan pemahaman fungsi genom, maka komposisi dan ekspresi gen dapat diatur sedemikian rupa mealui sejumlah pendekatan bio molekuler guna meningkatkan produksi dan kualitas budidaya. Kemajuan dalam teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetic yang dihasilkan oleh para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetic ini mutlak memerlukan ilmu ilmu computer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Dengan software software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakuakn dan hasilnya lebih valid. Penggunaan software bioinformatika dalam penelitian diharapkan mampu meningkatkan peroduktivitas budidaya perikanan.

Untuk contoh penerapannya yaitu tentang:

KLONING cDNA HORMON PERTUMBUHANDARI IKAN GURAME

(Osphronemus gouramy)

 untuk lebih lengkapnya .....
klik link dibawah ini !

http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/3208183190.pdf

            

Seperti yang telah dijelaskan pada Jurnal diatas menerangkan bahwa penelitian tersebut mempunyai tujuan untuk memperoleh sekuens DNA komplemen hormon pertumbuhan sebagai langkah awal dalam rangka pengembangan teknologi rekayasa genetik ikan gurami. Seperti yang temen-temen ketahui bahwa pertumbuhan Ikan gurami tergolong lambat dan hal tersebut merupakan suatu masalah dalam kegiatan Budidaya Ikan Gurami. Untuk itu Penelitian ini dilakukan dengan cloning hormon pertumbuhan gurame diharapkan akan mampu mempercepat pertumbuhan ikan gurame.

Menurut jurnal yang saya baca, hormon pertumbuhan pada ikan gurame diekstrak kemudian kemudian dilakukan cloning/ penggandaan dengan bakteri e coli. Setelah melalui beberapa tahap dilakukan sekuensing pada DNA hasil cloning untuk melihat urutan DNA nya. Setelah dilakukan sekuensing, kemudian gen hasil cloning tersebut diananalisa dan dicocokkan dengan DNA hormone pertumbuhan ikan yang ada di gen bank dengan menggunakan program BLAST. Program BLAST ini digunakan untuk mengetahui apakah sekuens nukleotida hasil sekuensing mirip dengan gen-gen GH yang ada dibank gen.

KESIMPULAN

Pada prinsinya pendekatan biologi moelekuler dapat ditempuh dengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda . Pertama, studi pada tingkat DNA yang disebut (Anotasi Genom), yaitu mengidentifikasi gen-gen pada suatu genom, yang kemudian menganalisis letak dan fungsi gen-gen tersebut. Kedua, studi pada tingkat RNA (Transkriptomika), yaitu menguji seluruh transkrip (produk transkripsi gen) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiga, studi pada tingkat protein (Proteomika), yaitu menguji seluruh protein (produk translasi RNA) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiganya bertujuan untuk meningkuatkan kualitas dan jumlah produksi budidaya perikanan. Penggunaan DNA chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa dna dalam urutan yang teratur. Microarray dibuat dengan mesin untuk mentransfer ratusan hingga ribuan tetes DNA ke posisi tertentu pada lempengan chip. DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik. Contoh pada bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen pada ikan s. senegalensis. Mikroaray elektronik tersebut akan memudahkan para peneliti dalam penelitian tentang ekspresi gen,. Program ini dapat pula menyelidiki perubahan dalam traksripsi gen selama diferensiasi gonad, pertumbuhan dan maturasi, dan metamorphosis larva selama perkembangan.

referensi:

http://dc301.4shared.com/doc/4VEkUaz9/preview.html

http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/3208183190.pdf

[+/-] Selengkapnya...

[+/-] Ringkasan...

jurnal tentang SIG dan penginderaan jauh

PENGEMBANGAN APLIKASI SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS (SIG)

BERBASIS WEB UNTUK MANAJEMEN PEMANFAATAN AIR TANAH

MENGGUNAKAN PHP, JAVA DAN MYSQL SPATIAL

(Studi Kasus di Kabupaten Banyumas)

Jumadi * dan Sigit Widiadi **

* Fakultas Geografi Universitas Muhammadiyah Surakarta

E-mail: joemnoor@gmail.com

** Dinas Energi dan Sumber Daya Mineral Kabupaten Banyumas

E-mail: swiadi@yahoo.com

ABSTRACT

Dalam dunia yang sudah ada sistem informasi geografis (GIS), pemetaan desktop telah mengambil peran acritical untuk mengelola dan menggunakan informasi spasial untuk bisnis. Tapi desktop berbasis GIS memiliki aplikasi batasan bagi pengguna. Penelitian ini dilakukan untuk mengembangkan GIS berbasis web dalam eksplorasi air tanah agar tomanage dan produksi, mencegah dari eksplorasi tidak terkendali, menggunakan JavaApplet, MySQL dan PHP Spasial. Pengembangan sistem di rancang dengan menggunakan air terjun  dari siklus hidup sistem dengan langkah-langkah berikut: 1) persyaratan sistem, 2) persyaratan perangkat lunak, 3) analisis, 4) program desain 5)coding, 6) pengujian, murah 7) operasi, didukung oleh referensi penelitian, pengamatan, diskusi and peer. Hasilnya menunjukkan bahwa dengan menggunakan Java Applet,MySQL dan PHP Spasial, GIS berbasis web untuk manajemen air tanah disesuaikan untuk membuat pemodelan spasial dan pemodelan baik log, userfriendly, interaktif, interoperable, informatif, dan mudah untuk mengakses dengan LAN / WAN PC yang terhubung. Aplikasi ini sangat membantu dalam rangka untuk menyeimbangkan antara pasokan air tanah dan produksi,pemantauan tingkat air tanah, pemantauan kualitas air, dan pemantauan air tanahpengguna. Mudah mudahan, ini berkelanjutan.

Keywords: web GIS, spatial modeling, well log modeling, Java, MySQL Spatial

PENDAHULUAN

Air merupakan salah satu komponen vital dalam kehidupan. Sering dengan pertumbuhan penduduk, kebutuhan akan air bersih pun terus megalami peningkatan. Menurut Santosa dan Adji (2007) kebutuhan pasokan air tanah terus meningkat seiring dengan perkembangan daerah serta meningkatnya kebutuhan hidup manusia (Sudarmadji, 2006). Kabupaten Banyumas merupakan salahsatu daerah yang dengan pertumbuhan kebutuhan air tinggi. Berdasarkan data Kabupaten Banyumas dalam Angka tahun 2007 (BPS, 2007), pada tahun 2005 jumlah pasokan air bersih yang disalurkan oleh PDAM kepada masyarakat sebesar 11.383.923 m3, terjadi peningkatan 6,16% dibandingkan dengan tahun 2004. Dari jumlah tersebut sebanyak 8.631.101 m3 (75,81%) disalurkan ke rumah tangga untuk kebutuhan domestik. Secara faktual,diperkirakan kebutuhan air rata-rata untuk keperluan domestik sampai tahun 2007 adalah sebesar 76.447.020 m3/tahun,sehingga untuk memenuhi kebutuhan air tersebut masyarakat lebih banyak air tanah dengan membuat sumur gali, sumur pompa, atau sumur bor. Upaya untuk menjaga kelestarian (sustainability) air tanah adalah dengan melakukan pengelolaan secara seksama mempertimbangkan berbagai komponen wilayah termasuk komponen fisik maupun komponen masyarakat. Secara umum komponen-komponen tersebut relatif tetap kondisinya dalam mempengaruhi eksistensi air tanah. Adapun faktor masyarakat adalah faktor yang banyak mempengaruhi berkurangnya daya dukung lingkungan terhadap keberadaan air tanah.Misalnya eksplorasi yang berlebihan, pengrusakan lingkungan di wilayah imbuhan (recharge area), pencemaran lingkungan maupun pengambilan air tanah yang tidak sesuai prosedur. Dengan demikian perlu adanya kontrol yang memadai terhadap perilaku masyarakat dalam melakukan eksplorasi air tanah. Basis data tersebut terkait dengan kondisi kewilayahan yang mencakup komponen fisik tersebut di atas sebagai data dasar dalam setiap pengambilan keputusan. Oleh karena itu dibutuhkan adanya sistem informasi yang berbasis kewilayahan (spatial) atau umum dikenal dengan Sistem Informasi Geografis (SIG) agar dapat menampung komponen komponen penting dari basis data yang akan disusun. Keberadaan teknologi SIG telah memberikan kemudahan bagi banyak kalangan dalam mengelola dan memanfaatkan data spatial (geographic reffereceddata). Namun demikian, software SIG berbasis desktop yang banyak dipakai selama ini memiliki keterbatasan terutama masalah aksesibilitas dan interopera-bilitasnya (Peng dan Zhang, 2004). Sebagai upaya untuk mengatasi keterbatasan tersebut, pengembangan aplikasi SIG dapat beralih menggunakan teknologi web. Di samping lebih aksesible dan interoperable, saat ini juga sudah banyak pilihan teknologi yang dapat dipakai dalam membangun SIG web, misalnya Peng dan Zhang (2004) juga Xi dan Wu (2008) menggunakan geography markup language (GML), scalable vector graphics (SVG), dan web feature service (WFS), Kamadjeu dan Tolentino (2006) menggunakan SVG dan MySQL, sedangkan Babu (2003) menggunakan Java dan MySQL untuk membangun aplikasi SIG berbasis web. Salah satu teknologi yang dapat dijadikan alternatif adalah pemanfaatan sistem basis data MySQL. MySQL merupakan sistem basis data RDBMS (Relational Database Management System) yang mulai versi 4.1 menambahkan ekstensi spatial pada sistem basis datanya (Haryanto,2005). Ekstensi spatial memungkinkan untuk menyimpan objek-objek geografis yang dapat dipakai dalam aplikasi SIG. Kaitannya dengan hal ini, berdasarkan spesifikasi dari OGC, setiap objek MySQL Spatial (layer) disimpan pada tabel yang terpisah dalam database, dengan satu record pada tabel dari setiap elemen spatial (spatial feature). Di dalam tabel spatial, kolom geometr y menyimpan informasi geometris pada masing – masing record. Kolom geometr y mendukung untuk menyimpan point, line, polygon, multipoint, multiline, dan multipolygon (Anonymous, 2006; Anonymous, 2007). Tipe data geometry secara hirarkis dapat dibagi lagi menjadi beberapa tipe data yang lebih spesifik (Gambar 1), antara lain: point, line, polygon, multipoint, multiline, dan multipolygon. Diantaranya berupa tipe abstrak (berwarna kelabu) yang berarti tipe data tersebut hanya dapat diisi dengan tipe data spatial yang lain, termasuk geometry. Dari beberapa tipe data abstrak tersebut hanya geometry yang dapat digunakan sebagai tipe kolom(Karlsson). Teknologi yang digunakan untuk mengembangkan web SIG untuk mendukung pengelolaan air tanah di Kabupaten Banyumas dipilih dengan mempertimbangkan dua hal. Pertama, persyaratan khusus aplikasi SIG, antara lain kaya akan tampilan grafis, mendukung konten raster dan vektor serta mampu menangani data dalam jumlah yang besar (Lilley, Chair, dan Jackson, 2004). Kedua,fungsi SIG yang disampaikan oleh Abdul-Rahman (2008), di mana sistem harus mampu menyimpan, menstruktur, memanipulasi, menganalisis dan merepresentasikandata spatial. Berdasarkan kedua pertimbangan tersebut teknologi yang digunakan adalah MySQL Spatial, Java Applet dan PHP. MySQL Spatial berfungsi untuk menyimpan, menstruktur, memanipulasi, dan menganalisis data spatial sedangkan untuk merepresentasi-kannya digunakan Java Applet. Adapun PHP berfungsi sebagai penghubung antara Java Applet dan MySQL. Agar menghasilkan tampilan spatial yang dinamis. PHP akan membaca data spatial dari MySQL kemudian menuliskannya sebagai data berbasis teks yang dikirimkan ke browser.

Sumber: Karlsson Gambar 1.

Gambar 1. Hirarki Tipe Data MySQL Spatial

Demikian pula sebaliknya, ketika user melakuan perubahan/penambahan secara interaktif pada Java Applet, PHP berfungsi untuk meng-eksekusi perubahan tersebut kedalam database MySQL. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendeskripsikan bagaimana pengembangan SIG berbasis web yang diimplementasi-kan untuk pengelolaan air tanah di Kabupaten Banyumas menggunakan Java, MySQL Spatial dan PHP. Mencakup pemanfaatanya dalam tujuan praktis pengelolaan air tanah. Sehingga diharapkan dapat memberikan wawasan teoritis dan aplikatif mengenai peranan Sistem Informasi Geografis.

METODE PENELITIAN

Tahapan pengembangan sistem yang digunakan dalam penelitian ini mengacu pada model waterfall (Demers, 1997), antara lain: 1) system requirements, 2) software requirements, 3) analysis, 4) program design, 5) coding, 6) testing, dan 7) operations

(Gambar 2).

Sumber: Demers, 1997

Gambar 2. Tahapan Pengembangan Sistem Menggunakan Model Waterfall

Model ini disebut waterfall karena satu tahapan tidak dapat dilaksanakan sebelum tahapan sebelumnya selesai, sehingga harus dilaksanakan secara berurutan. Guna mendukung pelaksanaan tahapan tersebut dilakukan studi literatur, observasi, diskusi ahli: 

a. Studi literatur: merupakan upaya untuk menjelajahi berbagai data dan informasi yang tertuang dalam buku, jurnal, laporan penelitian maupun informasi dari internet.

b. Observasi: merupakan upaya untuk penggalian data dan informasi mengenai pengelolaan air tanah yang selama ini dilakukan di Dinas Energi dan Sumber Daya Mineral Kabupaten Banyumas.

c. Diskusi ahli: merupakan upaya membahas berbagai data dan informasi yang dikemukakan oleh para ahli dengan latar belakang pengetahuan dan pengalaman dalam bidang geologi, geografi, teknologi informasi dan pengelolaan wilayah.

Sumber: Demers, 1997

Proses penyusunan program (coding) meliputi penyusunan script PHP dan pembuatan Java Applet untuk membuat pemodelan spatial dan non spatial menggunakan NetBeans IDE 6.5 melibatkan beberapa program penting, antara lain

1. Perangkat lunak yang berjalan di server (server-side), antara lain:

a. MySQL, berfungsi sebagai sistem basis data yang menyimpan baik data spatial maupun data non-spatial.

b. Apache, merupakan software yang berfungsi sebagai server web.

c. PHP, berfungsi pengerjaan script akan dilakukan di server, baru kemudian hasilnya akan dikirimkan ke browser.

2. Perangkat lunak yang berjalan di client (client-side), antara lain:

a. Internet Browser (Microsoft Internet Explorer, Mozila Firefox, Opera, dll), digunakan untuk browsing aplikasi.

b. Java Applet yang ditempelkan dalam aplikasi (embedded) untuk merepresentasikan data spatial secara dinamis dan interaktif.

c. Java Runtime Environtment (JRE),JRE berfungsi sebagai Java Virtual Machine (JVM) agar aplikasi java dapat berjalan

HASIL DAN PEMBAHASAN

Penyusunan Basis Data

Basis data yang digunakan dalam aplikasi ini antara lain: pertama, basis data spatial yang terdiri atas data primer dan data sekunder. Data primer dengan melakukan survai ke lokasi sumur maupun area industri/pengguna air tanah, sedangkan data sekunder diperoleh dari hasil dokumentasi proyek dan penelitian serta peta Rupa Bumi Indonesia dalam format digital (Tabel 1). Kedua, basis data non spatial yang juga terdiri atas data primer dan data

sekunder (Tabel 2). Data primer diperoleh melalui survey dan pendataan, dan registrasi sedangkan data sekunder Proses penyusunan program (coding) meliputi penyusunan script PHP dan pembuatan Java Applet untuk membuat pemodelan spatial dan non spatial menggunakan NetBeans IDE 6.5 melibatkan beberapa program penting, antara lain:

Tabel 1. Data Spatial SIG untuk Pengelolaan Air Tanah

Data                                                                                         Cara                          Sumber        Memperoleh

Peta Geologi/Litologi skala 1:25.000                                      Sekunder                    Peta Digital

Peta Cekungan Air Tanah skala 1:25.000                               Sekunder                    Peta Digital

Peta Kontur skala 1:25.000                                                    Sekunder                   Peta Digital

Peta Produktivitas Akuifer skala 1:25.000                               Primer                               Survai

Peta Wilayah Potensi skala 1:25.000                                       Primer             Survai dan Analisis

Peta Konservasi skala 1:25.000                                             Sekunder    Analisis dan Kebijakan

Peta Administrasi skala 1:25.000                                            Sekunder                    Peta Digital

Peta Lokasi dan Area Industri skala 1:10.000                         Primer                                Survai

Peta Titik Minatan Sumur dan Mata Air skala 1:10.000           Primer                               Survai

Peta Pelengkap (jalan, jembatan, sungai) skala 1:25.000         Sekunder                    Peta Digital

Sumber: Anonymous (2004) dengan Modifikasi

Tabel 2. Data Non - Spatial SIG untuk Pengelolaan Air Tanah

Data                                                     Cara                                            Sumber

  Memperoleh

Data Pengguna/Pemilik Sumur/Mata Air             Primer                                               Registrasi

Data Administrasi Sumur/Mata Air                     Primer                             Registrasi dan Survey

Data Hasil Analisis Lab. Air Tanah                     Primer                         Survey dan Analisis Lab.

Data Hasil Pemompaan (pumping test)               Primer                                               Survey

Data Hasil Observasi Tinggi Muka Air Tanah     Primer                                               Survey

Data Perijinan                                                    Primer                                              Registrasi

Data Perusahaan Pelaksana Pengeboran             Primer                                              Registrasi

Data Perusahaan Pelaksana Studi                       Primer                                              Registrasi

Hidrogeomorfologi                                             

Foto – foto                                                           Primer                                             Survey

Data pendukung lain                                            Sekunder                                        Dokumen

Sumber: Anonymous (2004) dengan Modifikasi

bersumber dari arsip dan dokumentasi

kegiatan pengelolaan air tanah.

Data tersebut disimpan dalam sistem basis data, di mana setiap data disimpan dalam satu tabel MySQL. Tabel yang mengandung data spatial, seperti titik, garis, atau polygon, di dalamnya mengandung kolom bertipe data geometry yang digunakan untuk menyimpan data-data bereferensi geografis tersebut. Sekaligus tabel ini berfungsi sebagai layer-layer peta.

Prosedur Sistem

Sistem ini menggunakan beberapa peta dasar yang disimpan dalam basisdata (RDBMS) sebagai dasar untuk melaksanakan prosedur pengelolaan potensi air tanah, antara lain: peta geologi, peta geohidrologi, peta curah hujan, peta geomorfologi, peta lokasi sumur, peta konservasi air tanah, peta cekungan air tanah, dan peta potensi air tanah (Gambar 3).

Sumber:Hasil Analisis

Gambar 3. Alur Prosedur SIG untuk Pengelolaan Air Tanah

Data tersebut bersama dengan data lokasi calon pengguna dan lokasi rencana sumur digunakan untuk memberikan keputusan diterbitkan atau tidaknya surat ijin untuk melakukan eksplorasi air tanah di lokasi yang dikehendaki. Pada saat calon pengguna air tanah (masyarakat) mengajukan permohonan untuk melakukan eksplorasi air tanah (pengeboran), sistem akan meminta koordinat area sumur (persil) dan koordinat rencana pengeboran yang dapat diperoleh menggunakan GPS (Global Positioning System). Secara prosedural, pengukuran koordinat ini dilakukan oleh petugas yang bertindak sebagai surveyor dalam hirarki pengelola sistem. Koordinat akan digunakan oleh sistem untuk melakukan query secara spatial (spatial query) mengacu pada analisis intersection pada MySQL spatial untuk

memperoleh informasi mengenai kondisi fisik lingkungan di mana sumur akan dibuat.

Implementasi Sistem dalam Manajemen

Air Tanah

Sistem ini diimplementasikan dalamproses pengelolaan pemanfaatan air tanah,

antara lain: 1) pemantauan lokasi sumur; 2) informasi awal tentang kondasi lokasi rencana sumur berkaitan dengan kondisi geologi, geohidrologi, curah hujan, geomorfologi, cekungan air tanah, potensi air tanah dan wilayah konservasi air tanah; 3) inventarisasi data perlapisan batuan;4) penerbitan rekomendasi dan perijinan; 5) pemantauan kuantitas dan kualitas air

tanah; 6) pemantauan dan penertiban pemanfaatan air tanah; 7) pelaporan administratif dan pemanfaatan air tanah; dan 8) pemodelan spatial lokasi sumur; dan 9) pemodelan perlapisan batuan dan konstruksi sumur. Informasi pemanfaatan air tanah yang ditampilkan secara spatial serta informasi kondisi fisik wilayah menggunakan aplikasi ini dapat dimanfaatkan sebagai landasan dalam pengambilan keputusan. Dikaitkan dengan basis data yang sudah dihimpun pengguna dapat memutuskan apakah permohonan pengeboran sumur air tanah disuatu lokasi dijinkan atau tidak dijinkan baik terkait dengan daya dukung lingkungan fisiknya, potensi air tanah menurut observasi yang sudah ada maupun kaitannya dengan

kebijakan wilayah konservasi air tanah. Dengan demikian diharapkan diperoleh keputusan yang tepat dalam rangka menjaga keberlanjutan pemanfaatan air tanah.Kaitannya dengan perencanaan lokasipengeboran pemanfaatan air tanah pada sumur-sumur produksi dengan kapasitas pengambilan debit yang besar, aplikasi ini dapat secara cepat dipakai untuk mengetahui jarak antara rencana sumur yang akan dibangun dan sumur yang sudah ada di sekitarnya. Dengan demikian diharapkan dapat secara tepat mengatur posisi-posisi sumur tersebut agar drawdown yang terjadi pada saat pengambilan air tidak mempengaruhi kapasitas produksi sumur-sumur di sekitarnya (sumur masyarakat).

KESIMPULAN

Sistem Informasi Geografis sangat bermanfaat untuk melaksanakan manajemen air tanah. Banyak fungsi manajerial dan pengambilan keputusan yang dapat dibantu menggunakan sistem ini, misalnya penerbitan rekomendasi maupun perijinan yang memungkinkan tersedianya informasi kewilayahan secara cepat menyangkut variable-variabel penting yang digunakan dalam upaya menjaga kelestarian air tanah. Bahkan dengan teknologi Java Applet, MySQL Spatial dan PHP memudahkan bagi pengembang untuk membuat pemodelan spatial maupun non spatial.

UCAPAN TERIMA KASIH

Penulis mengucapkan terima kasih kepada Dinas Energi dan Sumber Daya Mineral Kabupaten Banyumas, secara khusus kepada Kepala Dinas dan Bp. Junaidi atas sumbang saran yang Bapak berikan serta beberapa data yang menjadi rujukan dalam tulisan ini.

DAFTAR PUSTAKA

Anonymous. 2004. Kumpulan Teknis Pengelolaan Air Tanah. Jakarta: Departemen Energi danSumber Daya Mineral.

Abdul-Rahman, A., & Morakot, P. 2008. Spatial Data Modelling for 3D GIS (5th ed.). Berlin:Springer.

Anonymous. 2006. Linking to MySQL Spatial Layers. Nebraska: MicroImages, Inc.

Anonymous. 2007. MySQL 5.1 Refference Manual. Boston: Free Software Foundation, Inc.

Anonymous. 2009. Sun Expands Identity Management Suite With New MySQL Database

Interoperability for Dramatically Lower TCO. Information Technology Business. Atlanta:Mei 2009: 133.

Babu, M. N.. 2003. Implementing Internet GIS with Java Based Client-Server Environment. Map Asia Conference 2003.

Bouchard, Dany. 2005. Using GIS data intelligence on the web with Scalable Vector Graphics (SVG). The Netherlands: SVG Open 2005 conference Enschede.

Demers, Michael N. 1997. Fundamentals of Geographic Information System . New York: John Wiley & Sons, Inc.

Di Glacomo, Mariella. 2005. MySQL: Lessons Learned on a Digital Library. IEEE Software;

Vol. 22 (3) Mei/ Juni 2005: 10-13, 4p. ISSN: 07407459. Diakses 14 November 2009,

dari Academic Source Premier. (Document ID: 16978944).

Dunfeya, R. I., Gittings, B. M., & Batchellera, J. K.. 2006. Towards an open architecture for vector GIS. Computers & Geosciences, Vol. 32 (10), Desember 2006: 1720-1732.

eSpatial. 2009. eSpatial Announces Full Function Web GIS Geographic Information Systems

as Software as a Service SaaS. Information Technology Business,106. Diakses 12 September 2009, dari Academic Research Library. (Document ID: 1675433601).

Haryanto, S. 2005. SQL: Kumpulan Resep Query Menggunakan MySQL. Jakarta: Dian Rakyat.

Kamadjeu, R., & Tolentino, H. 2006. Open Source Scalable Vector Graphics Components for Enabling GIS in Webbased Public Health Surveillance Systems. AMIA 2006 Symposium Proceedings, 973.

Kang, J. S., You, Y., Sung, M. Y., Jeong, T. T., & Park, J. 2008. Mobile Mapping Service using Scalable Vector Graphics on the Human Geographic. Seventh IEEE/ACIS International Conference on Computer and Information Science.

Karlsson, Anders. GIS and Spatial Extensions with MySQL. dari http://dev.mysql.com/

tech-resources/articles/4.1/gis-with-mysql.html, diakses tanggal 14 November 2009.

Lilley, C., Chair, and Jackson, D..2004. 2d Graphics in XML. dari http://www.w3.org/

Graphics/SVG/. Diakses 12 September 2009.

Mikhalenko, Peter V.. 2006. Explore W3C standards: Make SVG more active with sXBL. CNET Networks, Inc.

Neumann, A., & Andréas M, W. 2000. Vector-based Web Cartography: Enabler SVG. Diakses tanggal 5 Agustus 2008, dari www.carto.net.

Oxley, Alan. 2009. Web 2.0 Applications of Geographic and Geospatial. Bulletin of the American Society for Information Science and Technology. April/May 2009 – Vol. 35 (4).

Peterson, Michael P.. 2003. Maps and the Internet. ELSEVIER – INTERNATIONAL

CARTOGRAPHIC ASSOSIATION, UK: Elsevier Scient, ltd. ISBN: 0-08-044201-3.

Seff, George. 2002. Scalable Vector Graphics and Geographic Information Systems. Limbic Systems, Inc.

Santosa, W. S & Adji, N. A.. 2007. The Investigation of Ground Water Potential by Vertical

Electrical Sounding (VES) Approach in Arguni Bay Region, Kaimana Regency, West

Papua. Forum Geografi. Vol. 21(1) Juli 2007.

Sudarmadji. 2006. Perubahan Kualitas Air tanah di Sekitar Sumber Pencemar Akibat

Bencana Gempa Bumi. Forum Geografi. Vol 20 (2) Desember 2006: 91-119.

Xi, Yan-tao & Wu, Jiang-guo. 2008. Application of GML and SVG in the development of

WebGIS. Journal of China University of Mining and Technology. Vol. 18 (1), Maret

2008: 140-143.

Peng, Z. & Zhang, C.. 2004. The roles of geography markup language (GML), scalable

vector graphics (SVG), and Web feature service (WFS) specifications in the

development of Internet geographic information systems (GIS). Journal of Geographical

Systems, 6(2), 95-116. Diakses 11 September 2009, dari Academic Research Library.

(Document ID: 848873401).

[+/-] Selengkapnya...

[+/-] Ringkasan...

fitoplankton yang mengeluarkan toxin

Tugas microbiologi akuatik

Alvi novian awaludin

Fitoplankton yang mengeluarkan toxin

TOKSIN adalah suatu substansi yang mempunyai gugus fungsional spesifik, letaknya di dalam molekul dan menunjukkan aktivitas fisiologis kuat. Toksin atau racun biasanya terdapat dalam tubuh hewan, tumbuhan bakteri dan makhluk hidup lainnya, merupakan zat asing bagi korbannya atau bersifat anti-gen dan bersifat merugikan bagi kesehatan korbannya.Secara biologis toksin memegang peranan penting dalam hidup binatang dalam terutama menangkap mangsa sebagai pertahanan diri dari gangguan. Secara fisiologis berfungsi pula dalam proses reproduksi. Toksin merupakan substansi yang mempunyai gugus fungsional spesifik, letaknya di dalam molekul dan menunjukkan aktivitas fisiologis yang kuat.  Istilah untuk toksin marin, digunakan untuk racun yang berasal dari organisme laut. Istilah lain yang ada kaitannya adalah racun atau ”bisa”. Toksin masuk ke dalam tubuh melalui mulut, sedangkan ”bisa” melalui sengatan atau gigitan.   Kebanyakan toksin ini diproduksi oleh alga (fitoplankton). Toksin terakumulasi dalam tubuh ikan yang mengkonsumsi alga tersebut atau melalui rantai makanan lain.  Yang unik dari toksin adalah tidak dapat dihilangkan atau tidak rusak dengan proses pemasakan. Keracunan toksin ini dikenal dengan istilah ”Paralytic shellfish poisoning” (PSP). Keracunan ini disebabkan karena mengkonsumsi kerang-kerangan yang memakan dinoflagelata beracun. Dinoflagelata adalah agen saxitoxin dimana zat terkonsentrasi di dalamnya. Kerang-kerangan menjadi beracun di saat dinoflategelata sedang melimpah karena laut sedang pasang merah atau ‘red tide’. Neurotoxic Shellfish Poison Komponen utama dari neurotoxic shellfish poison adalah brevitoxin. Keracunan yang disebabkan oleh toksin Brevitoxin disebut ”Neurotoxic shellfish poisoning”. Keracunan ini diakibatkan mengkonsumsi kerang-kerangan dan tiram. Toksin ini diproduksi oleh alga laut Ptychdiscus brevis dimana melalui rantai makanan mengakibatkan kerang dan tiram mengandung racun tersebut.  Gejala keracunannya meliputi rasa gatal pada muka yang menyebar ke bagian tubuh yang lain, rasa panas-dingin yang bergantian, pembesaran pupil dan perasaan mabuk. Diarrhetic Shellfish Poison Komponen utama Diarrhetic shellfish poison adalah okadaic acid. Komponen yang lain adalah pectenotoxin dan yessotoxin. Keracunan yang disebabkan oleh toksin Okadaic acid ini disebut ”Diarrhetic shellfish poisoning”. Keracunan ini diakibatkan mengkonsumsi kepah (mussel) dan remis (scallop). Toksin ini diproduksi oleh alga laut Dinophysis fortii dimana melalui rantai makanan mengakibatkan remis mengandung racun tersebut. Senyawa dari klas okadaic acid ini mempunyai efek sebagai promotor tumor. Gejala utama keracunan DSP adalah diare yang akut, dimana serangannya lebih cepat dibandingkan dengan keracunan makanan akibat bakteri. Selain itu, mual, muntah, sakit perut, kram dan kedinginan. Hingga saat ini informasi ataupun penelitian yang berkaitan dengan cara penanganan dan atau pengolahan yang mampu untuk mencegah bahaya keracunan toksin tersebut belum banyak diperoleh

Diambil dari

http://suaramerdeka.com/v1/index.php/read/cetak/2009/02/19/52494/Jenis-jenis-Toksin-Marin-Alami

[+/-] Selengkapnya...

[+/-] Ringkasan...

Bioinformatika pada budidaya perikanan

Bioinformatika berarti bio dan informatika yang merupakan gabungan antara ilmu biologi dan teknik informatika (TI). Defenisi bioinformatika secara umum dapat diartikan sebagai aplikasi komputasi dan analisa biologi sehingga dapat diinterprestasikan data-data berdasarkan teknik informatika. Sebenarnya bioinformatika lahir atas insiatif para ahli ilmu komputer berdasarkan artificial intelligence. Perangkat bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan pangkalan data sekuens Biologi ialah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Penelusuran BLAST (BLAST search) Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa kebasahan hasil sekuensing atau untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Dengan perkembangan teknologi di setiap bidang (termasuk akuakultur), peluang penelitian dengan menggunakan teknik-teknik terbaru pun muncul dan hal ini membangkitkan pula industri  bioteknologi dewasa ini.Beberapa “platform” bioteknologi yang telah diaplikasikan pada bidang akuakultur akan dijelaskan dibawah ini.

A. Teknologi ekspresi protein

Produksi protein rekombinan sedang hangat dalam bidang bioteknologi. Ada berbagai metoda yang dapat dipilih sebagai sistem ekspresi antara lain pendekatan bakterial, yeast (ragi),  sel insekta maupun transgenik.

B. Mikrosatelit, RFLP, Analisis QTL

Teknologi tersebut digunakan untuk identifikasi stok, mengidentifikasi gen yang penting dalam akuakultur .

C. Vaksin DNA

 Teknologi ini telah diterapkan dalam skala penelitian pada rainbow trout dan hasilnya sangat bagus. Ketika di uji tantang dengan virus IHNV, hampir 100% ikan dengan  perlakuan teknologi ini selamat dan perlakuan kontrol 85-90% mengalami kematian.

D. Chip DNA

 Teknologi ini berkembang pesat dan telah diaplikasikan untuk ekspresi gen, pemetaan, penemuan gen, diagnosa genetik.

E. Proteomics

Proteomics adalah bidang baru dalam biology  modern. Proteomic adalah ilmu yang mempelajari sifat protein. teknologi ini bisa mengidentifikasi protein yang dapat berperan untuk penemuan obat, theurapeutics dan lainnya.

F. Teknologi Transgenik

teknologi ini berguna untuk meningkatkan laju pertumbuhan ikan; mengatur kematangan gonad, diferensiasi sex dan sterilitas; meningkatkan resistensi terhadap pathogen; mengadaptasi ikan terhadap lingkungan baru (freeze resistance).

Diambil dari

BIOINFORMATIKA, ILMU BARU?

http://bioinformatika-q.blogspot.com/

[+/-] Selengkapnya...

[+/-] Ringkasan...